Bajas médicas y control horario: cómo gestionarlas (2026)

La llamada llega un lunes a las 8:15. Un empleado no puede venir: tiene parte de baja. Para el departamento de RRHH eso desencadena una cadena de trámites que, si no están bien organizados, generan errores en nómina, en la cotización a la Seguridad Social y, por supuesto, en el registro horario. Porque el trabajador de baja no ficha —eso está claro— pero la empresa sigue teniendo obligaciones de registro que cumplir.

Esta guía explica todo el proceso: qué tipos de incapacidad temporal existen, qué dice la ley, cómo se tramita el parte, quién paga qué y durante cuánto tiempo, cómo debe reflejarse la baja en el sistema de fichaje, qué ocurre con la vuelta al trabajo, la incorporación progresiva y la recaída. Y cómo un software de control horario bien configurado elimina buena parte del trabajo manual.

Si todavía gestionas las bajas con un Excel y un recordatorio en el móvil, este artículo te dará la estructura que necesitas. Si ya tienes un sistema digital, te ayudará a verificar que lo estás usando correctamente.

En este artículo

Tipos de baja (IT): común, profesional, accidente
Marco legal: art. 45 ET, RD 1060/2022 y LGSS
Comunicación: empleado, empresa, médico, Mutua, INSS
Procedimiento: parte de baja, plazos y modelos
Bajas médicas en el control horario: cómo se refleja la IT en el fichaje
El empleado de baja NO ficha — pero hay que registrar el estado
Salarios y prestación durante la IT
Alta médica: vuelta al trabajo
Vuelta progresiva: incorporación parcial
Recaída: cómo se gestiona
Bajas largas: prolongación y valoración del INSS
Coordinación con TGSS y Mutua
Casos especiales: maternidad, paternidad y riesgo durante el embarazo
Errores frecuentes en la gestión de bajas
Preguntas frecuentes

Tipos de baja (IT): común, profesional, accidente

No todas las bajas médicas son iguales. La distinción no es burocrática: determina quién gestiona la prestación, quién la paga y desde qué día. Confundir una IT por contingencias comunes con un accidente de trabajo puede derivar en cotizaciones mal declaradas y reclamaciones posteriores.

Incapacidad temporal por contingencias comunes

Agrupa las bajas provocadas por enfermedad común (gripe, lumbago, depresión, operación programada, etc.) y por accidente no laboral (una caída en casa, un accidente de tráfico fuera del trabajo).

La gestión corresponde al INSS o, si la empresa tiene cobertura concertada, a la Mutua Colaboradora con la Seguridad Social. El pago de la prestación comienza el cuarto día de baja —los tres primeros son a cargo del trabajador (sin cobrar) y, del cuarto al decimoquinto, el coste es de la empresa. A partir del decimosexto día, la prestación la abona directamente la entidad gestora (INSS o Mutua) a través del sistema de pago directo o de la empresa en régimen de colaboración obligatoria.

Incapacidad temporal por contingencias profesionales

Incluye dos supuestos con tratamiento diferenciado:

Accidente de trabajo: cualquier lesión que el trabajador sufra con ocasión o como consecuencia del trabajo. Incluye también el accidente in itinere (trayecto al trabajo o desde el trabajo al domicilio), siempre que se cumpla la jurisprudencia del Tribunal Supremo sobre habitualidad del trayecto.
Enfermedad profesional: la contraída como consecuencia del trabajo ejecutado, cuando está incluida en el cuadro del Real Decreto 1299/2006, de 10 de noviembre (BOE núm. 302). Los agentes causales más frecuentes son los físicos (ruido, vibraciones), los químicos (disolventes, plomo) y los biológicos (sanitarios expuestos a agentes infecciosos).

En contingencias profesionales, la prestación la gestiona siempre la Mutua (o el INSS si la empresa está acogida a él para estas contingencias, algo cada vez menos frecuente). El pago comienza desde el día siguiente al accidente —sin días de espera— y la cuantía es el 75% de la base reguladora desde el primer día.

Cuadro comparativo

Concepto	Contingencias comunes	Contingencias profesionales
Causa	Enfermedad común / accidente no laboral	Accidente de trabajo / enfermedad profesional
Gestión	INSS o Mutua (según opción empresa)	Mutua (casi siempre)
Días de espera	3 días (trabajador sin prestación)	0 días (desde el día siguiente)
Pago días 4-15	Empresa (75% base reguladora)	Mutua (75% base reguladora)
Pago desde día 16	INSS / Mutua (pago directo)	Mutua
Duración máxima	365 días + prórroga 180	365 días + prórroga 180

Marco legal: art. 45 ET, RD 1060/2022 y LGSS

El artículo 45 del Estatuto de los Trabajadores

El artículo 45 del Estatuto de los Trabajadores (texto consolidado, BOE) regula las causas de suspensión del contrato de trabajo. En su apartado 1.c establece:

«El contrato de trabajo podrá suspenderse por las siguientes causas: (…) c) Incapacidad temporal de los trabajadores.»

La suspensión del contrato es un concepto jurídico preciso: el trabajador queda exonerado de prestar servicios y la empresa queda exonerada de abonar el salario —lo sustituye la prestación de la Seguridad Social—, pero el contrato no se extingue. El empleado conserva su puesto de trabajo y, al recuperarse, tiene derecho a reincorporarse en las mismas condiciones.

Esta suspensión afecta directamente al registro horario: durante los días de baja, el contrato no genera obligación de asistencia y, por tanto, no hay jornada que registrar. Lo que sí debe quedar registrado es el estado de IT del trabajador en el sistema, como veremos más adelante.

Real Decreto 1060/2022: los nuevos partes de baja

El Real Decreto 1060/2022, de 27 de diciembre (BOE núm. 311, de 28 de diciembre de 2022) cambió el sistema de comunicación de los partes de incapacidad temporal, con entrada en vigor el 1 de abril de 2023. Los cambios más relevantes para las empresas:

El médico ya no entrega el parte al trabajador para que lo lleve a la empresa. El parte de baja y los de confirmación se transmiten directamente desde el sistema sanitario (INSS, Mutua, médico del SPS) a la TGSS de forma telemática.
La empresa ya no recibe el parte en papel. Accede a la información de la baja del trabajador a través del sistema RED (o su software RRHH integrado con el mismo).
Al trabajador se le entrega una copia informativa, pero no tiene que presentarla en la empresa como trámite obligatorio.
Subsiste la obligación de comunicar el parte al INSS/Mutua en los plazos establecidos, pero la cadena documental es completamente electrónica.

El impacto práctico para RRHH es significativo: hay que tener acceso operativo al sistema RED o a un software RRHH con integración con la TGSS para recibir la información de la baja sin depender de que el trabajador traiga el papel. Las empresas que aún gestionan esto manualmente están generando un riesgo de desconocimiento de la situación real de su plantilla.

El régimen completo de la IT está regulado en los artículos 169 a 176 del texto refundido de la Ley General de la Seguridad Social (Real Decreto Legislativo 8/2015, de 30 de octubre, BOE núm. 261). Ahí se definen las situaciones protegidas, las prestaciones económicas, los plazos de duración y el régimen de extinción.

Comunicación: empleado, empresa, médico, Mutua, INSS

La gestión de una baja implica a cuatro partes que deben comunicarse correctamente y en los plazos establecidos. El fallo en cualquiera de estos canales genera consecuencias en la prestación y en la cotización.

Qué debe hacer el empleado

Avisar a la empresa lo antes posible cuando no pueda presentarse al trabajo —no existe un plazo legalmente tasado para el aviso previo, pero el convenio colectivo o el reglamento interno suele fijar uno (generalmente antes del inicio de su jornada o en la primera hora).
Acudir al médico de cabecera (si es enfermedad común) o a urgencias/médico de empresa (si es accidente de trabajo o sospecha de enfermedad profesional) para que se emita el parte de baja. Con la reforma del RD 1060/2022, el médico transmite el parte telemáticamente a la TGSS.
Guardar su copia informativa del parte. Ya no tiene que entregarla a la empresa como trámite obligatorio, pero sí es recomendable que el empleado se la quede por si hubiera discrepancias.
Acudir a las revisiones médicas en los plazos indicados para obtener los partes de confirmación.

Qué debe hacer la empresa

Recibir el aviso del empleado y registrar la baja en el sistema de control horario como ausencia justificada por IT desde ese día.
Acceder al sistema RED o a su software RRHH para comprobar que el parte ha llegado de forma telemática desde la entidad gestora.
Transmitir a la TGSS, a través del sistema RED, los datos económicos del trabajador necesarios para calcular la base reguladora de la prestación. El plazo es de tres días hábiles desde el conocimiento de la baja.
Gestionar el pago delegado si corresponde (días 4-15 en contingencias comunes) o comunicar el inicio de la baja a la Mutua para que inicie el pago directo.
Conservar la documentación de cada baja durante el período de prescripción (4 años para infracciones a la TGSS).

Qué hace el médico / sistema sanitario

Emite el parte de baja (código INSS de la primera baja: proceso 0016, duración estimada según diagnóstico).
Transmite telemáticamente a la TGSS: parte de baja, partes de confirmación y parte de alta.
La frecuencia de confirmaciones depende de la duración estimada de la baja (ver tabla en el apartado siguiente).

Qué hace la Mutua o el INSS

Recibe los partes de la entidad sanitaria.
Puede convocar al trabajador a reconocimiento médico propio para verificar la situación.
Gestiona la prestación económica (pago directo desde el día 16 en contingencias comunes, desde el día siguiente en contingencias profesionales).
Puede declarar la alta médica si considera que el trabajador está en condiciones de trabajar, incluso antes de que lo haga el médico del SPS.

Procedimiento: parte de baja, plazos y modelos

Tipos de parte y plazos de confirmación

Con la entrada en vigor del RD 1060/2022, los partes de baja se clasifican según la duración estimada, y eso fija el ritmo de los partes de confirmación:

Duración estimada	Confirmaciones médicas
Muy corta (≤ 5 días)	El médico fija la fecha de alta en el mismo parte de baja. Si al llegar esa fecha el trabajador no está curado, se emite confirmación.
Corta (6-30 días)	Confirmación cada 7 días naturales.
Media (31-60 días)	Confirmación cada 14 días naturales.
Larga (> 61 días)	Confirmación cada 28 días naturales.

Qué contiene el parte de baja (modelo oficial)

El parte de baja incluye, entre otros datos: identificación del trabajador (NAF — número de afiliación), identificación del facultativo, fecha de baja, diagnóstico codificado (CIE-10), contingencia (común o profesional), duración estimada, y si procede, limitaciones funcionales relevantes para la vuelta al trabajo.

Plazos críticos para la empresa

Trámite	Plazo
Comunicar datos a TGSS (base reguladora)	3 días hábiles desde conocimiento de la baja
Pago delegado (días 4-15, contingencias comunes)	En la nómina del mes en curso
Comunicación de alta médica a TGSS	3 días hábiles desde conocimiento del alta
Reincorporación del trabajador	Día siguiente al alta médica (salvo jornada reducida en vuelta progresiva)

Bajas médicas en el control horario: cómo se refleja la IT en el fichaje

Esta es la parte que más dudas genera en las empresas: ¿qué pasa con el registro de jornada cuando un empleado está de baja?

La obligación de registro de jornada del art. 34.9 del ET, introducida por el Real Decreto-ley 8/2019, obliga a registrar diariamente la hora de inicio y fin de la jornada de cada trabajador. Pero durante la IT, el contrato de trabajo está suspendido (art. 45 ET). No hay jornada que registrar porque no hay prestación de servicios.

Esto tiene dos consecuencias prácticas:

El trabajador no debe ni puede fichar mientras está de baja. Si un empleado sigue fichando desde casa durante una IT, eso es un problema legal —tanto para el empleado como para la empresa, que podría estar pagando o recibiendo prestación mientras hay trabajo efectivo.
La empresa debe registrar el motivo de la ausencia, aunque no haya jornada. El sistema de control horario debe reflejar que el empleado está en situación de IT, con la fecha de inicio y, cuando se conozca, la fecha de alta.

La Inspección de Trabajo, cuando revisa el registro de jornada de una empresa, detecta inmediatamente cuando un trabajador tiene días sin registro sin justificación documentada. Un trabajador de baja sin el estado IT registrado en el sistema puede interpretarse como una ausencia no controlada —y eso es una infracción.

Para gestionar esto correctamente sin burocracia manual, puedes configurar Workrono para marcar automáticamente las ausencias por IT cuando la baja llega al sistema. Consulta cómo funciona el fichaje QR y la gestión de ausencias en Workrono.

El empleado de baja NO ficha — pero hay que registrar el estado

Para que quede absolutamente claro, resumimos las obligaciones:

Lo que no debe ocurrir durante una IT:

El empleado ficha (entrada y salida normales).
El empleado trabaja parcialmente desde casa sin comunicarlo y sin que esté en situación de vuelta progresiva.
La empresa no registra la ausencia y deja el día en blanco en el sistema de fichaje.

Lo que debe ocurrir:

El día de baja se registra como ausencia justificada por IT en el sistema de control horario.
El estado IT se mantiene activo durante todos los días de la baja.
Los partes de confirmación se van recibiendo y la duración de la IT se actualiza en el sistema.
Cuando llega el alta, el estado cambia a activo y el empleado vuelve a fichar.

En el software de control horario, esto generalmente se implementa creando un tipo de ausencia específico para IT (o para cada tipo: enfermedad común, accidente laboral, etc.), con opciones para adjuntar el número de parte de baja y la fecha estimada de retorno. Los informes de presencia deben mostrar esos días como IT, no como días sin registro ni como vacaciones.

Esta diferenciación importa también para los informes de ausentismo: mezclar IT con otras ausencias (vacaciones, permisos) distorsiona los datos y complica la auditoría de registros horarios al cierre del ejercicio.

Salarios y prestación durante la IT

Durante los tres primeros días (contingencias comunes)

Los días 1, 2 y 3 de IT por contingencias comunes no están cubiertos por la prestación de la Seguridad Social. El trabajador no cobra nada por esos días salvo que el convenio colectivo o el contrato individual establezcan un complemento. Muchos convenios sí cubren estos días —es uno de los primeros puntos que hay que revisar al gestionar una baja.

Del día 4 al día 15 (contingencias comunes)

La prestación existe pero la paga la empresa:

Días 4 a 20: el 60% de la base reguladora.
Días 21 en adelante (hasta el día 15 de la baja): el 75% de la base reguladora.

La base reguladora diaria es la base de cotización por contingencias comunes del mes anterior dividida entre 30.

Desde el día 16 (contingencias comunes)

La entidad gestora (INSS o Mutua) paga directamente la prestación. En el sistema de pago directo —que es el mayoritario desde la extensión de los convenios especiales de la SS—, la Mutua o el INSS transfiere la prestación directamente al trabajador; la empresa no anticipa nada. En el régimen de colaboración obligatoria (empresas grandes con convenio propio), la empresa paga y luego se compensa con la cotización.

Contingencias profesionales: desde el primer día

La Mutua abona el 75% de la base reguladora desde el día siguiente al accidente. La base reguladora en contingencias profesionales incluye también las horas extraordinarias (a diferencia de las contingencias comunes).

Tabla resumen de responsabilidad de pago

Días	Contingencias comunes	Contingencias profesionales
1-3	Nadie (salvo complemento de convenio)	Mutua (75% base, desde el día 1 siguiente al accidente)
4-15	Empresa (60% días 4-20; 75% días 21-15 de baja)	Mutua
16 en adelante	INSS / Mutua (pago directo)	Mutua

El complemento de convenio

La mayoría de convenios sectoriales y algunos convenios de empresa establecen un complemento hasta el 100% del salario durante toda o parte de la baja. Esto es una mejora voluntaria de la prestación legal. La empresa lo paga de su bolsillo como mejora voluntaria y luego puede compensarlo parcialmente a través de los mecanismos de la Mutua cuando procede.

Al gestionar la nómina de un trabajador de baja, hay que tener claro si el convenio aplicable establece este complemento, durante cuántos días, y qué porcentaje. No aplicarlo cuando es obligatorio por convenio es una infracción laboral.

Alta médica: vuelta al trabajo

El alta médica es la declaración de que el trabajador ha recuperado la capacidad para trabajar. Con ella, termina la suspensión del contrato y el empleado tiene derecho —y obligación— de reincorporarse.

Quién puede declarar el alta

El médico del Servicio Público de Salud que emitió la baja.
La Mutua colaboradora (para contingencias profesionales o si tiene concertada la gestión de la IT por contingencias comunes).
El INSS, mediante el procedimiento de propuesta de alta por el inspector médico.

Plazos de reincorporación

La reincorporación se produce al día siguiente al de la fecha del alta médica. Si el alta se emite un viernes, el empleado debe reincorporarse el lunes (si es día laborable para él según su horario). La empresa no puede exigir que se incorpore el mismo día del alta salvo que el parte así lo indique expresamente.

Qué debe hacer la empresa al recibir el alta

Registrar la fecha de alta en el sistema de control horario, cerrando el estado IT.
Comunicar el alta a la TGSS en el plazo de 3 días hábiles.
Preparar el puesto de trabajo del empleado para su retorno —especialmente si la baja ha sido larga y puede haber cambios organizativos que afecten a sus funciones.
En bajas largas, es recomendable realizar una entrevista de retorno con RRHH para facilitar la reintegración.

Impugnación del alta médica

El trabajador tiene cuatro días hábiles para impugnar el alta ante el INSS si no está de acuerdo. Durante ese plazo, si el INSS da la razón al trabajador y anula el alta, el empleado permanece en IT. Si el INSS confirma el alta, el trabajador debe reincorporarse o solicitar incapacidad permanente si entiende que su estado no le permite trabajar.

Vuelta progresiva: incorporación parcial

La vuelta progresiva al trabajo permite que el empleado que ha sufrido una IT larga se reincorpore con jornada reducida mientras termina de recuperarse. En España, esta figura está regulada de forma específica para ciertos colectivos (mayores de 55 años, trabajadoras en situación de riesgo durante el embarazo, accidentes de trabajo graves) y de manera más general en algunos convenios colectivos.

La adaptación gradual de jornada

El artículo 48.3 bis del Estatuto de los Trabajadores, introducido por el Real Decreto-ley 6/2019, de 1 de marzo, permite a los trabajadores en situación de IT solicitar una adaptación gradual y progresiva del trabajo como medida de reincorporación. Esto requiere:

Solicitud del trabajador a la empresa.
Acuerdo entre empresa y empleado.
Comunicación a la entidad gestora (Mutua o INSS) para que adapte la prestación.

Cómo se registra en el fichaje

Este es uno de los casos más complejos de gestionar en el sistema de control horario. El empleado está trabajando parcialmente, con lo que:

Ficha las horas trabajadas normalmente (entrada y salida).
El resto de la jornada se registra como IT parcial o como ausencia justificada por vuelta progresiva.
La prestación de IT se recalcula sobre la parte de jornada no trabajada.

Es fundamental que el tipo de ausencia en el sistema sea correcto: no es vacaciones, no es reducción de jornada ordinaria, es vuelta progresiva. Mezclarla con otros tipos de ausencia genera errores en los informes de presencia y en la cotización.

Recaída: cómo se gestiona

Una recaída se produce cuando el trabajador, habiendo recibido el alta médica, vuelve a ser dado de baja por la misma enfermedad o proceso patológico dentro de los 180 días naturales siguientes al alta.

¿Por qué importa la distinción?

La recaída se trata como continuación de la IT anterior, no como una nueva baja. Las consecuencias son:

No hay nuevos días de espera: la prestación comienza desde el primer día.
El período de duración computa de forma acumulada: el período máximo de 365 días se calcula sumando todos los períodos de IT del mismo proceso.
La entidad gestora es la misma que gestionó la IT original (no se puede cambiar de Mutua entre la baja y la recaída si el contrato no ha cambiado).

Cómo identificar una recaída en el sistema

Al recibir el nuevo parte de baja, el médico debe indicar si es una recaída del proceso anterior. En el sistema RED, la baja aparece vinculada al proceso anterior mediante el número de proceso de IT.

En el sistema de control horario, la recaída debe registrarse como un nuevo período de IT pero con el mismo proceso vinculado —esto es importante para los informes de gestión y para la comunicación a la Mutua.

Bajas largas: prolongación y valoración del INSS

Duración máxima de la IT

La IT tiene una duración máxima de 365 días, prorrogable por 180 días adicionales cuando se presume que durante ellos el trabajador puede recuperar la capacidad laboral. En total: hasta 545 días de IT antes de que deba resolverse de otra manera.

Qué pasa al llegar a los 365 días

El INSS tiene la obligación de revisar la situación. Puede:

Prorrogar la IT hasta los 545 días si estima que hay expectativas razonables de recuperación.
Iniciar expediente de Incapacidad Permanente si considera que la situación no va a resolverse con el tratamiento.
Declarar el alta médica, aunque el trabajador y su médico no lo consideren apropiado.

Para la empresa, la llegada a los 365 días implica una gestión activa: hay que coordinarse con la Mutua (o el INSS) para conocer la resolución previsible y planificar la cobertura del puesto, que en bajas tan largas puede requerir la contratación de un sustituto.

Incapacidad Permanente y extinción del contrato

Si finalmente se declara una Incapacidad Permanente Total o Absoluta, el contrato de trabajo puede extinguirse (art. 49.1.e ET). La empresa debe tramitar el despido objetivo por esta causa, con indemnización de 20 días por año trabajado (con un máximo de 12 mensualidades). La Incapacidad Permanente Parcial, en cambio, no extingue automáticamente el contrato —la empresa tiene la opción de recolocar al trabajador en otro puesto compatible con sus limitaciones.

Coordinación con TGSS y Mutua

La gestión eficiente de las bajas médicas requiere acceso operativo a dos plataformas: el sistema RED de la TGSS y el portal de la Mutua colaboradora.

Sistema RED de la TGSS

El Sistema RED (Remisión Electrónica de Documentos) es el canal obligatorio para que las empresas y sus gestores se comuniquen con la Seguridad Social. Para las bajas médicas, las funciones principales son:

Recepción telemática de los partes de baja y confirmación.
Transmisión de los datos económicos del trabajador (base de cotización) en el plazo de 3 días hábiles.
Recepción del parte de alta.
Consulta del estado de IT de los trabajadores de la empresa.

Las empresas sin acceso al sistema RED operativo cometen errores en los plazos y pueden recibir requerimientos de la TGSS.

Portal de la Mutua

Si la empresa tiene concertada la cobertura de IT por contingencias comunes con una Mutua (y no con el INSS directamente), el portal de la Mutua es el canal para:

Comunicar el inicio de la baja y solicitar el pago directo.
Solicitar reconocimiento médico del trabajador de baja.
Gestionar el alta de la Mutua (que puede ser anterior al alta del SPS).
Tramitar el reintegro de prestaciones si la empresa tiene pago delegado.

Cómo conectar el software RRHH con estos sistemas

Un software de control horario moderno puede integrarse con los sistemas de la TGSS para recibir automáticamente las notificaciones de IT y reflejarlas en el registro de ausencias. Esto elimina el proceso manual de revisar el sistema RED todos los días y reduce el riesgo de que una baja no quede registrada a tiempo.

Si quieres ver cómo funciona esta integración en la práctica, puedes empezar gratis con Workrono y configurar los tipos de ausencia por IT desde el primer día.

Casos especiales: maternidad, paternidad y riesgo durante el embarazo

Aunque se gestionan de forma similar a la IT, estos supuestos tienen regulación propia y no deben confundirse con una baja médica ordinaria.

Nacimiento y cuidado de menor (ex maternidad/paternidad)

Tras la equiparación introducida por el Real Decreto-ley 6/2019, ambos progenitores tienen derecho a 16 semanas de permiso retribuido. La prestación la gestiona el INSS y equivale al 100% de la base reguladora. Durante este permiso, el contrato queda suspendido (art. 45.1.d ET) —igual que en la IT, pero con regulación diferenciada.

El tratamiento en el sistema de control horario debe reflejarse como suspensión por nacimiento, no como IT. La diferencia es relevante tanto para los informes de gestión como para la cotización.

Riesgo durante el embarazo o lactancia

Si el puesto de trabajo supone un riesgo para la embarazada o para el lactante y no es posible la adaptación del puesto ni la movilidad funcional, la trabajadora puede pasar a situación de riesgo durante el embarazo (o lactancia). La gestiona la Mutua y la prestación es del 100% de la base reguladora.

Tampoco es IT: es una suspensión diferenciada con su propio código en el sistema RED. Registrarla como IT por enfermedad común es un error frecuente que puede generar devolución de prestaciones.

Errores frecuentes en la gestión de bajas

Error 1: no registrar la baja en el sistema de fichaje

La Inspección de Trabajo puede interpretar que un empleado ausente sin registro es un empleado que no ha fichado. Los días de IT deben aparecer en el sistema como ausencia justificada, no como días en blanco.

Error 2: confundir el tipo de contingencia

Una baja por contingencias comunes gestionada como contingencia profesional (o viceversa) genera errores en la prestación, en la cotización y potencialmente en la declaración de responsabilidad ante la Mutua. Siempre hay que verificar el origen de la baja con la documentación médica.

Error 3: no comunicar los datos a la TGSS en plazo

El plazo de 3 días hábiles para transmitir los datos económicos del trabajador al sistema RED es improrrogable. El incumplimiento reiterado puede derivar en requerimientos y sanciones de la TGSS.

Error 4: exigir el parte en papel al trabajador

Desde el 1 de abril de 2023 (RD 1060/2022), el parte se transmite telemáticamente. Pedir al empleado que traiga el papel firmado sigue siendo posible como confirmación interna, pero no es el canal oficial y no puede condicionarse a ello el reconocimiento de la baja.

Error 5: no aplicar el complemento de convenio

Si el convenio colectivo aplicable establece un complemento hasta el 100% del salario durante la IT, la empresa está obligada a pagarlo. No hacerlo es una infracción de la normativa laboral y puede dar lugar a reclamaciones de salarios.

Error 6: olvidar los días de espera en nómina

Los días 1, 2 y 3 de IT por contingencias comunes no tienen prestación de la SS —pero sí pueden estar cubiertos por convenio. Si el convenio no lo cubre, esos días el trabajador simplemente no cobra la prestación (aunque sí cotiza). Abonarlos como si hubiera prestación cuando no la hay, o no abonarlos cuando el convenio los cubre, son errores de nómina.

Error 7: dejar al trabajador de baja en activo en el sistema

Si el empleado está de baja y sigue figurando como activo en el sistema de fichaje, los informes de presencia no son fiables y la auditoría interna detectará inconsistencias. El estado IT debe activarse en el mismo día en que se conoce la baja.

Error 8: no planificar la cobertura para bajas largas

Una baja que se prolonga más de 30 días requiere una decisión sobre cobertura: ¿se redistribuyen las tareas? ¿se contrata un sustituto temporal? Dejar el puesto descubierto sin decisión explícita genera carga desigual en el equipo y riesgo de incumplimiento de compromisos con clientes.

Preguntas frecuentes

¿Puede la empresa exigir que el empleado traiga el parte de baja en papel?

No es el canal oficial desde el 1 de abril de 2023. El RD 1060/2022 establece que los partes se transmiten telemáticamente desde el sistema sanitario a la TGSS. La empresa puede solicitarlo como documento interno, pero no puede condicionar el reconocimiento de la baja a que el empleado entregue el papel.

¿Qué pasa si un empleado de baja trabaja desde casa?

Es una situación irregularísima. Si el trabajador está en IT y presta servicios (aunque sea remotamente), puede estar cometiendo fraude de prestaciones —cobrar una prestación por IT mientras trabaja. La empresa que lo tolera asume también responsabilidad. Si el empleado puede trabajar, la solución correcta es la vuelta progresiva con reducción de jornada, no la IT de baja completa compatible con trabajo remoto.

¿La empresa puede despedir a un empleado de baja?

La IT no es una causa de despido. Un empleado de baja tiene protección frente al despido: si la empresa le despide durante la baja sin causa justificada, el despido puede ser declarado nulo (si concurre vulneración de derechos fundamentales) o improcedente. Sin embargo, la IT tampoco confiere blindaje absoluto: pueden existir causas objetivas o disciplinarias independientes de la baja que justifiquen el despido.

¿Cómo afecta la IT a las vacaciones?

Si un trabajador cae de baja durante su período de vacaciones, tiene derecho a disfrutar las vacaciones no consumidas en una fecha posterior, aunque haya terminado el año natural —con un máximo de 18 meses desde el final del año en que se devengaron. Esta es una garantía reconocida por la jurisprudencia del Tribunal de Justicia de la UE y aplicada en España. Consulta la guía completa de gestión de vacaciones y ausencias en empresas para ver todos los supuestos.

¿Los días de IT cuentan para el cálculo de vacaciones?

Sí. La suspensión del contrato por IT no interrumpe el devengo de vacaciones. El empleado que ha estado de baja todo el año sigue acumulando los días de vacaciones correspondientes a ese año —y tiene el derecho a disfrutarlos en los 18 meses siguientes.

¿Qué es la base reguladora de la IT?

Es el importe diario sobre el que se calcula la prestación. Para contingencias comunes: la base de cotización del mes anterior dividida entre 30 (o entre el número de días del mes, según el régimen). Para contingencias profesionales: se incluyen también las horas extraordinarias habituales. Es importante que la empresa comunique la base correcta al sistema RED en el plazo de 3 días hábiles —errores en la base generan recalculaciones y posibles devoluciones de prestaciones.

¿Cuántas bajas puede tener un empleado antes de que la empresa tome medidas?

No existe un número legal que automáticamente habilite medidas disciplinarias o extintivas. Sin embargo, el artículo 52.d del ET regula el despido objetivo por faltas de asistencia, con requisitos específicos: las ausencias deben superar el 20% de las jornadas hábiles en dos meses consecutivos, o el 25% en cuatro meses discontinuos en un período de doce. Importante: las ausencias motivadas por IT de duración superior a 20 días consecutivos no computan a estos efectos. Para el cumplimiento normativo más amplio de RRHH, consulta nuestra guía de cumplimiento legal RRHH para PYMEs.

¿Cómo se registra una baja en Workrono?

En Workrono, puedes crear tipos de ausencia específicos para cada modalidad de IT (enfermedad común, accidente laboral, enfermedad profesional, accidente no laboral, vuelta progresiva). Cuando se registra una ausencia de tipo IT, el empleado no aparece como pendiente de fichar ese día —el sistema entiende que es una ausencia justificada y la refleja en los informes de presencia con el código correcto. Para ver el flujo completo, accede a la configuración de fichaje QR y ausencias.

Conclusión

La gestión de bajas médicas en control horario es uno de esos procesos que parece sencillo hasta que tienes varios empleados de baja a la vez, con diferentes tipos de contingencia, en distintos momentos del ciclo (baja, confirmación, alta, recaída), con convenios que establecen complementos distintos.

El esquema que resuelve la mayoría de los problemas:

Distingue el tipo de IT desde el primer momento: contingencias comunes o profesionales. Afecta a quién paga y desde cuándo.
Registra la baja en el sistema de fichaje el mismo día que la conoces. No esperes al parte físico ni al sistema RED —el estado IT debe activarse inmediatamente.
Comunica los datos a la TGSS en 3 días hábiles. El plazo es improrrogable.
Verifica qué establece el convenio sobre complementos durante la baja, días de espera y vuelta progresiva.
Distingue la vuelta normal de la vuelta progresiva: son situaciones administrativamente diferentes con tratamiento distinto en fichaje y en prestación.
Planifica la cobertura para bajas largas. Dejar el puesto descubierto indefinidamente no es sostenible.

Un sistema de control horario bien configurado hace buena parte de este trabajo de forma automática: registra la ausencia, bloquea el fichaje del empleado en IT, genera los informes diferenciados por tipo de ausencia y facilita la comunicación con la Mutua y la TGSS.

Si quieres automatizar la gestión de bajas y abstenerte del seguimiento manual, prueba Workrono gratis — la configuración de ausencias por IT está disponible desde el plan básico.

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